Khlong San đã từng được gọi bằng các tên sau, theo thứ tự thời gian, huyện Bang Lamphu Lang (บางลำภู ล่าง), huyện Buppharam (บุปผาราม), và Huyện Khlong San (từ 1916), khi nó là một phần của tỉnh Thon Buri. Tình trạng của nó đã được thay đổi thành King Aphome trong năm 1938 và trở lại huyện (Amphoe) một lần nữa vào năm 1957 do biến động dân số. Nó đã trở thành một phần của Bangkok sau khi việc sáp nhập tỉnh Thon Buri và tỉnh Phra Nakhon năm 1971.